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Avec les nouvelles modifications de l'abbatiale, les moines reçoivent le 22 mars 864, depuis Alise le transfère des reliques de Ste Reine, dans le but de les préserver de l'invasion Viking imminente. Elles seront déposées dans la "Prison de Ste Reine". Sanctuaire à rotonde, c'est un élément d'importance pour la connaissance de l'architecture et l'archéologie médiévales.

878, la nouvelle abbatiale, construite sur le site de l'église primitive, est consacrée par le pape Jean VIII. À cette occasion les "moines
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Derrière l'Église
St Genès

(AD 1991©)
bénédictins lui offre huit livres d'anis", selon la tradition et que rapportaient des manuscrits, aujourd'hui, disparus.

11 janvier 887, les Vikings sont là, sous les murs de la Cité qu'ils assiègent jusqu'au 25 janvier, selon Hugues de Flavigny. Il y a huit tués parmi les moines ou serviteurs. Immédiatement l'abbaye est l'objet de plusieurs constructions successives, des vestiges sont toujours visibles. Lieu de pèlerinages renommé, avec le "culte des reliques", durant les périodes mérovingienne et carolingienne.

Vers 1085/1092 Rainald dévot de St Prix, effectue la translation des reliques dans une chasse ornée d'or, d'argent et de pierreries. C'est à cette même époque que les reliques de Ste Reine sont mises et déposées dans un reliquaire d'argent.

Dans une seconde crypte, seulement découverte en 1961, était déposé l'ensemble des reliques de l'Abbaye. Au rez de chaussée ne sont admis que des pèlerins privilégiés qui circulent librement autour des reliquaires. Ils peuvent les toucher, alors que le "vulgus" est relégué à l'étage où une galerie permet la déambulation des fidèles qui n'ont aucun contact physique avec les chasses.
Dès l'origine, Flavigny est le centre d'une région s'étendant sur un vaste territoire ( Dijon - Langres - Autun) . C'est une Seigneurie ecclésiastique, qui mettra en place et sa juridiction et son administration financière. Les abbés qui se succèdent à la tête de l'abbaye exercent à la fois pouvoir temporel et pouvoir politique qui, souvent prend le pas sur la mission religieuse.

Importante place de négoces, les seigneurs d'alentour y font bâtir leurs résidences, au plus près de leur suzerain...

Y vivent aussi, et y travaillent, artisans et marchands d'où la richesse du patrimoine architectural civil dont témoigne encore le grand nombre des bâtiments érigés entre les XII et XVIIIè siècle.
Rue de l'Église .......... (AD 1991©)
Au Xè siècle le développement de la Cité est attesté par l'existence de l'église paroissiale St Genès. Le début de la construction d'une première enceinte fortifiée, par Renaud II seigneur abbé, permet d'assurer la protection de l'abbaye et de la ville qui l'entoure, autre preuve de prospérité de la Ville.